El retablo mayor de Santa María Magdalena fue realizado por Alonso Carbonel entre los años 1612 y 1618. Además de su importancia artística, tiene valor histórico por ser uno de los pocos que se conservan en la comunidad autónoma madrileña correspondientes a la primera mitad del siglo XVII.
En 1611 se concertó su construcción con el arquitecto Alonso Carbonel. En enero de 1612, éste firmó con Juan de Velasco, vecino de Colmenar de Oreja, un acuerdo para transportar hasta Getafe la madera que Carbonel tenía comprada para el retablo de la iglesia. En mayo de 1612, la madera se encontraba depositada en la casa de la orden del Paular.
Según se desprende de otro documento, fechado el 3 de febrero de 1613, Alonso Carbonel y los escultores Antonio Herrera y Antón Morales y el ensamblador Luis Navarro, se hicieron cargo de la construcción del retablo; posteriormente, se lo dieron a destajo al ensamblador Miguel Tomás, excepto el sagrario, que lo realizaría Luis Navarro. Al fallecer éste, le sustituye el escultor Juan Porres.
En mayo de 1639, José Leonardo, Félix Castello y Angelo Nardi se
comprometieron a realizar, cada uno de ellos, dos pinturas que deberían entregar el último día de mayo, por el precio unitario de 600 reales.
Es un retablo pictórico barroco de la primera mitad del XVII. La obra es de madera dorada y policromada, con una altura de unos trece metros, y cubre los tres lados centrales del ábside. Su estructura es de siete calles y de tres cuerpos. La columna es el elemento fundametal que organiza el retablo y distibuye los espacios. El retablo está dedicado a Santa María Magdalena, cuya escultura se halla en el lugar más destacado del mismo.
Y del conjunto destaca su Tabernáculo. Inició su construcción el escultor y ensamblador Luis Navarro. Al fallecer éste, se hicieron cargo del mismo el escultor Juan de Porres y el ensamblador Miguel de Tomás. Se halla situado en la calle central, primer piso. Dispone de un basamento con un cuerpo, rematados por una cúpula y linterna. En el cuerpo principal se encuentran seis columnas de orden compuesto, apoyado en ellas un entablamento decorado con motivos vegetales, y sobre éste, dos basamentos, uno poligonal y otro circular. Sobre este último, se apoyan seis pares de columnas, también de orden compuesto, que sostienen arcos de medio punto sobre los que carga la cúpula, y sobre ésta, una basa hexagonal sobre la cual está situada un estatuilla alegórica de la Fe.